病原微生物检测 NGS在病原微生物检测的中的应用

病原微生物检测 NGS在病原微生物检测的中的应用

1.传染病病原体的鉴定
传统的检测方法主要包括涂片镜检、生化反应和*学检测，但周期长.过程复杂，灵敏度低。PCR部分技术解决了上述问题，但未知微生物检测难以解决。NGS检测不需要分离和培养病原体，也不依赖不依赖于已知的核酸序列设计引物。它可以直接测序和识别标本，大大降低库存建设时间，提高诊断效率，特别是在未知病原微生物检测方面。
目前NGS病原微生物鉴定主要有两种形式：rRNA前者倾向于细菌.真菌鉴定和菌群分析，后者获得更全面的信息，一般强调病毒鉴定。
2.病原体耐药性和毒性特征检测
在当前抗生素不规范使用和宿主*的压力下，病原体必然会在毒性和耐药性方面发展。这种高毒性和耐药性的菌株通常会导致传染病的发病率.死亡率居高不下的重要原因。
耐药性和毒性的临床试验方法主要是体外药物的敏感性试验.耐药菌表面检测等方法。这些方法操作繁琐，耗时.费力。NGS技术通量高.在一次测序反应中，可以获得细菌整个基因组的耐药性.毒性等相关基因信息有助于揭示病原体的毒性和耐药性，对临床**和指导用药具有重要意义。
3.病原体分型及流行溯源
目前，病原体分类方法主要有多个点序列分类.脉冲场凝胶电泳.多点串联重复序列分析技术等。这些技术可以检测病原体的类型，但分辨率较低，很难区分病毒等类似或高变异的病原体。NGS通过检测病原体全基因组序列，获取所有遗传信息，被认为是分辨率较高的病原体分类方法。
近年来，抗生素的不规范使用甚至滥用，使得细菌的耐药性越来越**，耐药菌株在医院爆发时有发生。NGS在分类耐药菌等病原体的基础上，技术可以判断同源性，区分不同的进化路线，成为跟踪病原体不可或缺的重要手段。
4.肠道微生物菌群宏基因组测序分析
宏基因组学（Metagenomics）：以微生物生态群落中所有微生物的基因组为研究对象，直接从环境样本中提取所有微生物DNA或者RNA构建宏基因组文库，研究物种组成和功能组成.不同微生物在同一群体中的相互作用.微生物群落与宿主的相互作用，对不同表型的样品进行比较分析，解释生物学现象。
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